大科学家是推动科技发展的关键伟人，他们的隐退机制直接影响游戏进程。当玩家选择隐退大科学家时，该伟人会立即消失，但其特殊能力将被永久激活，为文明提供持续的科技加成或一次性科技突破。大科学家隐退后无法再次招募，但会空出伟人槽位，可以派遣使者，使后续伟人更易获得。不同时期的大科学家提供不同效果的隐退能力，从古典时期的科技尤里卡到信息时代的直接科技完成，隐退时机需要根据当前科技树进度和游戏策略谨慎选择。
隐退大科学家的首要考量是其能力与当前科技需求的匹配度。早期大科学家如希帕蒂亚提供图书馆和科技值加成，适合在学院区建设初期隐退以加速科技发展；中期大科学家如牛顿则提供与大学相关的持续科技值加成，需要在大学广泛建成后隐退才能最大化效益；后期大科学家如爱因斯坦直接提供大量科技值，通常在关键科技研发阶段隐退。隐退位置选择也至关重要，部分大科学家需要在特定区域（如学院）相邻的白色高亮地块上才能激活最佳效果，错误的位置安置会导致能力浪费。
大科学家隐退后对游戏进程的影响具有持续性。提供尤里卡加成的隐退效果会永久提升对应科技的研发速度，而直接完成科技的效果则会立即解锁该科技及其相关单位、建筑和奇观。某些大科学家的隐退效果具有叠加性，如多个提供学院加成的隐退效果可以共同作用，形成科技发展的乘数效应。隐退决策还需考虑与其他伟人的协同效应，例如大工程师的奇观加速能力与大科学家的科技解锁能力结合，可快速建立科技优势。
在多人对战中，大科学家隐退时机更具策略性。过早隐退可能浪费潜在更强的后期效果，而过晚隐退则可能错失关键科技窗口期。观察对手的科技进度和伟人招募情况，可以预判哪些大科学家可能被争夺，从而决定是提前隐退当前科学家还是保留点数竞争下一个。隐退大科学家还会影响外交关系，快速攀升的科技水平可能引发邻国的警惕或结盟请求。战争状态下，保留大科学家作为移动单位有时比立即隐退更有价值，特别是当学院区受到威胁时。
大科学家隐退后的替代方案包括专注其他伟人类型的招募，或通过政策、城邦和宗教等手段补充科技发展。没有大科学家的情况下，玩家可以通过精心规划学院区布局、最大化相邻加成，以及利用间谍窃取科技来维持竞争力。某些文明特性如朝鲜的书院机制或德国的汉萨同盟，能够在一定程度上弥补大科学家缺失的科技损失。游戏后期若已隐退多数重要大科学家，应将科技发展重点转向卫星项目和科技外交。
