通关一周目后，咱们会回到真新镇的家里，这时候大木博士会主动上门来找你。如果图鉴已经收集了60种以上的宝可梦，博士会帮你升级成全国图鉴，这是开启二周目的关键条件。要是还没凑够数量，赶紧去野外多抓几只补全。拿到全国图鉴后，冰系天王科拿会暂时离开联盟，剧情自然推进到七岛冒险。
从枯叶市的码头坐船前往一之岛，在岛上的网络中心会遇见之前修机器的NPC。他提到设备需要红宝石才能运作，咱们得去灯火山找。沿着岛屿右侧冲浪到光辉之路，进入山顶洞穴能遇见火焰鸟，顺手收服它后继续往右走，会看到两个火箭队残党把守的洞口。打败他们进入深处就能拿到红宝石，带回去交给NPC后，他会提到还需要蓝宝石，并给咱们彩虹通行证，以后就能自由往返各个岛屿了。
接下来坐船去四之岛，刚登陆就会遇到劲敌小茂，不过这次他不会对战。岛上有个隐藏的冰瀑洞窟，用冲浪术进入后能学会攀瀑技能，爬上瀑布会发现科拿正被火箭队围攻。帮她解围后得知五之岛有火箭队基地，但需要密码才能进入。这时候去五之岛右侧的小屋，找老爷爷领取波克比的蛋（队伍要有空位），然后继续探索不归之穴，送迷路女孩回家后还能拿到奖励道具。
六之岛的标记森林能抓到赫拉克罗斯，而下方洞穴需要用居合斩开门，按顺序掉进上、左、右、下的坑洞就能找到蓝宝石。不过刚拿到就会被火箭队抢走，他们留下仓库密码后逃走。带着密码返回五之岛基地，击败里面的干部夺回蓝宝石，再回一之岛交差，七岛任务就完成了。最后别忘了去华蓝市洞穴抓超梦，二周目的隐藏剧情才算圆满结束。
