火箭队仓库位于五之岛，进入前需获取两个密码。第一个密码多多少少，少少多多可从灯火山的火箭队队员处获得，第二个密码大大小小，小小大大需在点之穴击败研究员澄夫后取得。这两个密码是进入仓库的必要条件，缺少任意一个都无法开启仓库大门。
仓库内部结构分为三层：地下一楼、地下二楼和地下四楼。从游戏厅的楼梯进入地下一楼，继续向下到达地下二楼，此处会遇到火箭队成员，击败后上方会出现通往地下四层的道路。地下四层有更多火箭队成员把守，战胜后可获得仓库钥匙。地下三楼并非仓库区域，无需探索。
获得钥匙后需返回地下二层，向右前进会遇到传送带迷宫。顺着传送带走到出口，再次遭遇火箭队成员，战胜后继续向右前进，在尽头楼梯处可发现红色电梯门。进入电梯后选择地下四层按钮，即可抵达关键区域。电梯出来后向上走，将面对最后的守卫怪兽，击败后即可完全控制仓库。
仓库内的战斗难度适中，但需注意火箭队成员可能使用的异常状态战术，毒、混乱等。建议提前准备解状态药剂，队伍中最好包含能应对多种属性的宝可梦。仓库探索过程中获得的道具包括升级数据、大珍珠、招式学习器等，这些物品对后续游戏进程有帮助。
