副本是玩家获取资源、提升战力的核心途径之一。开启副本的首要条件是完成主线任务前置关卡，系统会根据玩家等级逐步解锁不同难度的副本内容。普通副本通常跟随主线剧情推进自动开放，而精英副本需要先通关对应的普通副本才能挑战。部分特殊副本如修罗副本则要求玩家等级达到110级且完成指定关卡后才能开启，这类副本往往提供更丰厚的奖励但挑战难度显著提升。
游戏内的副本主要分为冒险模式、精英副本、修罗副本和活动副本四大类。冒险模式作为基础副本贯穿整个游戏进程，精英副本则产出特定忍者碎片和装备材料。修罗副本作为后期内容，需要玩家组建高战力队伍才能应对。活动副本多为限时开放，提供节日专属奖励。每种副本的开启机制略有差异，但普遍遵循通关前置关卡-满足等级要求-消耗体力进入的基本逻辑，部分团队副本还需组建或加入队伍才能参与。
副本开启后的挑战策略需要根据类型调整。普通副本推荐优先开启自动战斗功能以提升效率，该功能在通关第一章所有副本后解锁。精英副本建议集中资源培养2-3个主力忍者，针对BOSS特性选择克制阵容。修罗副本对走位和技能释放时机要求严格，需熟悉BOSS的攻击模式与技能前摇。无论何种副本，合理分配体力都是持续挑战的关键，每日中午、傍晚和晚上的免费体力领取不容错过。
铜币应优先投入天赋升级和装备强化，通灵兽培养次之。声望可通过试炼之地、武斗祭和组织叛忍活动获取，用于兑换副本所需物资。秘境副本产出的饰品建议优先叠加暴击属性，战力达标后再转向攻击属性。小队突袭务必开启三倍奖励选项，组织商店的声望可兑换铜币或忍玉。每日三次体力购买和100活跃度任务完成是维持副本挑战的基础保障。
普通副本三星条件通常包括时间限制、不使用药水等要求，部分关卡需要躲避BOSS的特定技能。精英副本的忍者碎片掉落概率固定，建议每日扫荡关键节点。修罗副本存在特殊的保护机制和阶段转换，需要观察BOSS动作预判攻击范围。所有副本的扫荡功能都需先手动通关才能解锁，20倍经验兵粮丸每半小时恢复1个，合理规划扫荡次数能最大化收益。
长期玩家应注意副本进度的系统性规划。主线副本推进应与等级提升同步，避免因战力不足卡关。精英副本的碎片收集需要长期坚持，建议制定每日扫荡计划。修罗副本的开启虽晚但回报丰厚，前期资源应优先保证角色等级达标。组织叛忍和小队突袭等组队副本需保持稳定社交关系，固定队伍能显著提高通关效率。忍者招募的免费机会每12/48小时刷新一次，合理利用可补充副本阵容缺口。
