神兽作为稀有且强大的宝可梦，分布在不同地点且需要特定条件才能触发捕捉。急冻鸟位于双子岛最深处，需用冲浪技能抵达后按顺序推石头堵住瀑布水流，进入隐藏山洞即可遭遇。闪电鸟栖息在无人发电厂最深处，需从10号公路冲浪抵达；火焰鸟则固定在1号岛灯火山山顶，需学会怪力术推开拦路岩石。这三只传说鸟类宝可梦等级均为50级，建议携带克制属性和高级精灵球应对。
超梦作为剧情核心神兽，需通关后前往华蓝洞窟最底层捕捉，该区域需掌握冲浪和攀瀑技能才能抵达。梦幻则出现在红莲岛拿取秘密钥匙的建筑物内，属于隐藏遭遇型神兽。洛奇亚位于第八座彩虹岛右下角海域，等级高达70级；而三圣柱中的冰神柱需在双子岛滑冰场通过特定滑行路线触发，钢神柱与闪电鸟共享无人发电厂刷新点，岩神柱则在1号岛上方草丛随机出现。
部分神兽与主线进度强关联，如古拉顿需在1号岛火焰山地下探索发现，吉拉奇需通关幽灵塔顶楼关卡才能遭遇。迪奥西斯出现在第九座彩虹岛完成拼图后，雪拉比则藏在3号岛左侧森林中。这些神兽的刷新往往需要先完成岛屿任务链，例如取得蓝宝石或破解火箭队密码等关键剧情道具。
捕捉策略上，将目标血量削弱至红色状态并施加睡眠/麻痹异常状态能显著提升成功率。火焰鸟建议用水系或岩石系宝可梦对抗，急冻鸟可用钢系技能克制，闪电鸟则惧怕地面系攻击。携带足够的高级球、计时球或大师球是必要准备，同时注意保存游戏进度以防捕捉失败。
