文明6核弹轰炸后占领城市的核心方法是等待辐射消散或主动清理辐射，再派遣近战单位进入市中心完成占领，同时配合前期部署与后期管理确保占领顺利。核弹攻击会直接将目标城市的市中心血量与防御强度清零，理论上可直接占领，但爆炸产生的辐射会让进入地块的单位每回合承受高额伤害，盲目进军会导致部队损耗，必须先处理辐射问题才能安全推进占领流程。
核弹攻击后，目标区域会出现红色辐射污染地块，普通核装置辐射持续10回合，热核装置辐射持续20回合，期间所有进入污染地块的单位每回合会受到50点伤害。此时最稳妥的是等待辐射自然消散，可通过查看地块信息面板确认剩余污染回合，也能观察地块颜色变化判断辐射状态。若想加快占领节奏，可派遣建造者或军事工程师进入辐射区清理，每个污染地块消耗1次建造者劳动力即可清除辐射，部分文明的特殊单位如罗马军团也具备清理辐射的能力，能大幅缩短等待时间。投放核弹前需将己方部队撤至安全距离，避免被爆炸波及消灭，同时在辐射区外围部署坦克、机械化步兵等现代近战单位，搭配医疗单位保障续航，辐射一消失或清理完毕就能立即突进。
占领操作必须由陆军近战单位完成，远程单位、空军、海军单位都无法执行占领指令，哪怕城市防御已归零也不行。常用的高效占领单位包括现代坦克、机械化步兵、现代装甲，这些单位移动力强、血量充足，能快速突破可能存在的敌方残余部队拦截。若敌方城市周边有少量驻军，可先用远程单位或空军清理残兵，再让近战单位进驻市中心，此时会弹出占领或夷平城市的选项，选择占领即可将城市纳入版图。若追求速攻，可在核爆同一回合完成占领，提前将近战单位部署在辐射边缘，核爆后立即用建造者清理市中心地块辐射，再移动单位占领，能避免敌方反扑，也能快速触发征服胜利条件。
成功占领后，城市会进入叛乱期，忠诚度大幅下降，容易出现反叛独立的情况，需立即部署驻军稳定秩序，驻军数量越多忠诚度回升越快。被核弹轰炸的城市建筑、区域与改良设施基本全被摧毁，无法提供产能、粮食等收益，优先派遣工人修复粮仓、水厂等基础设施，逐步恢复城市运作。同时要在占领城市周边部署战斗机、防空导弹车等防空单位，防范敌方用核弹反击，也要留意外交影响，使用核弹会带来高额战狂惩罚，其他文明可能联合谴责或宣战，需提前做好外交应对与军事防御准备。
